民國87年，政府訂定放流水標準時，考慮到牛糞尿中有機物大部份無法短時間生物分解，偏高的纖維物質也增加前處理的困難，同時牧草中的木質素也都不利於養牛廢水之處理，因此COD方面，草食動物訂為450毫克／公升，而非草食動物則為250毫克／公升。民國92年養豬業者提出抗爭，政府將其標準從250毫克／公升放寬至600毫克／公升，但草食動物卻未跟著放寬，反而繼續沿用原來的450毫克／公升，導致迄今草食動物COD標準比養豬業還嚴苛的不合理現象。

備註：

　　1.畜牧業(一)：81年以前適用飼養豬隻1千頭以上；82年起適用非草食性動物，如豬、雞、鴨、鵝等。
　　2.畜牧業(二)：81年以前適用飼養豬隻2百頭至999頭，及其他主要畜禽；82年起適用草食性動物，如牛、馬、羊、鹿、
　　　　　　　　 兔等。
　　3. BOD：生化需氧量，COD：化學需氧量，SS：懸浮固體。

　　畜牧場在辦理牧場登記時，禽畜糞尿處理設施是當然要件，也就是說，飼養規模達50頭以上的養牛戶，全數設有廢水處理設施，但因有冬、夏處理效率不同的差別，大多仍然無法達到放流水標準。

　　曾經有酪農告訴我：「有頭髮的誰要當禿子？」為達成現行的放流水標準，只要有專家提出可以改善放流水的建議，他都不惜成本窮盡一切可能想要達成，環保牛床、刮糞牛舍、固液分離機該有的一樣沒少，甚至還委託專家及專業環工公司進行現場輔導改善，一樣難以達成現行COD的放流標準。該現象常常造成環保行政人員與酪農間的衝突，讓酪農無法安心養牛。

　　本會曾於101年9月與中華民國酪農協會、中華民國養羊協會、中華民國養鹿協會、臺灣肉牛產業發展協會等草食動物產業團體，共同函請行政院環境保護署陳情將畜牧業（二）放流水標準的化學需氧量（COD）限值放寬至1,000毫克／公升，但並未獲環保署的正面回應。

　　農委會為替畜牧廢水找出新契機，於民國98∼99年進行槽車載運豬廢水施灌農作試驗，報告顯示其對土壤、地下水質及公共衛生均無負面影響，於是開放畜牧廢水可依廢棄物清理法之「農業廢棄物再利用管理辦法」，由事業（畜牧場）及再利用機構（耕作農友）共同向農委會提出個案再利用申請，也就是說，養牛廢水的原廢水、經固液分離後或經厭氣發酵後，都可以槽車載運至農地施溉，不必受放流水標準的限制。但由於該辦法是由「廢棄物清理法」授權，故廢水要以桶裝或槽車方式運送，才能視為「事業廢棄物」，如果以管線或溝渠方式處理，就回歸到水污染防治法管理範疇。

　　畜牧廢水用於施灌農地的個案再利用申請，和水污染防治法的土壤處理相較，廢棄物清理法已減少許多繁複的手續，且可利用現成監測井或民用井監測地下水簡便許多，但仍需提出再利用計畫書─擬定再利用方式、施灌水質、施灌面積，亦得找出週遭既有的監測井或民用井，提出地下水及土壤監測計畫…，對酪農而言，仍不甚方便。幸而，農委會已協調新化畜產試驗所協助農民擬定企劃書等申請手續，有意願的酪農或草農可以橫向連結後，向該所經營組（06-5911211轉246再轉17）尋求協助資料蒐集及文書處理等程序。