行事曆
上個月2024年 5月下個月
1 2 3 4
5 6 7 8 9 10 11
12 13 14 15 16 17 18
19 20 21 22 23 24 25
26 27 28 29 30 31
今天
 主選單
 出版刊物
 訪問統計

 隨機小語
莫問收穫,但問耕耘。

[曾國藩]
 隨機文章
藍瑞斯母豬合照(中文) (1720)
藍瑞斯完檢(英文) (1279)
藍瑞斯母豬合照(英文) (897)
採精紀錄資料表 (534)
約克夏側面照 (587)
 熱門連結網站


[回上頁 | 顯示此文件為可列印格式]

此文件提供者: shuYing - [評分 : 0.00 (0 票選) | 評分!]


學術園地

簡介乳牛基因體資訊交流平台

畜產試驗所  趙俊炫  張菊犁  吳明哲  賈玉祥

  2014年國際畜政聯盟(The International Committee for Animal Recording, ICAR)之會員國年會暨科技會議於德國柏林舉辦,本次與會討論重點之一是遺傳性狀之探討與改進。而ICAR認證了世界各國許多機構的遺傳評估流程。此次會議考慮實施乳牛基因體資訊交流平台(GENOEX)是一重大突破,顯示基因組遺傳評估技術已是全球乳業科技的潮流之一,目前趨勢是利用基因組單核苷酸多態性(SNPs)資訊,是新一代輔助選種的分子標記、功能強大的基因選拔新工具。自從2008年起美、紐、澳、荷等乳業先進國家陸續使用基因組選拔,數種不同用途的SNP晶片紛紛問世,除了應用於公牛外,目前亦已應用於廣大母牛群(至今美國所有品種不分公母已超過66萬頭牛已經基因型鑑定)。

  此次會議GENOEX的提案是一個獨特機會,可讓ICAR/Interbull提供更需要的基因組資訊交換的國際平台。已經評估確定有此需求,也必須加以整合,它不僅是可行的而且價格實惠。預計服務費用是顯著低於個別機構投資於基因型鑑定和基因組數據儲存/處理的花費。因為這只涉及那些有興趣於該平台的客戶間合作,它不會阻止其他國際種公牛委員會客戶能夠繼續發展自己的策略和相關基礎設施。GENOEX沒有打算更換或與國家機構競爭相關業務;相反地,GENOEX被認為是輔助工具,更有效地發展各國國內育種計畫。

   本次由國際種公牛委員會中心主任Joao Dürr報告,認為執行GENOEX有以下功能:

1.

建立以SNP資料為基礎的國際合作所必要的基礎設施。

2.

可降低基因型鑑定成本和優化其投資,避免基因型鑑定重複投資。

3.

建立基因組資料交換的標準步驟。

4.

改善基礎族群。

5.

成為牛系譜SNP國際資料來源,建立一個公共資源庫促進多邊SNP資料交換,提供小族群可負擔的基因組資料庫。

6.

大規模篩選隱性基因。

7.

世界各地的系譜驗證資料的基礎。

8.

牛群多樣性研究。

   預定未來將提供服務類別:

1.

系譜SNP交換服務(Parentage SNP exchange service, PSE)。

2.

基因組資料交換服務(Genomic data exchange service, GDE)。

3.

客製化基因組資源庫服務(Customized genomic repository service, CGR)。

 

預計於2014年冬天至2015年啟動PSE服務;於2015年冬天至2016年啟動GDE服務;於2016年啟動CGR服務。

系譜SNP交換服務(Parentage SNP exchange service, PSE)

  服務的原則是透過提供不在自己國家資料庫的外國動物SNP和微衛星標記資料的合作,以促進全球性牛隻系譜驗證。前提是用戶是負責在其各自國家的品種系譜驗證服務,要求每一個參與者無間斷地將數據儲存到基因型公共儲存庫。同樣,每個用戶將被授予可進入系譜SNP和微衛星數據的完整目錄。在合作過程中,服務費將不會根據使用率而訂,而是一個共同年費的方式。為了確保透明度,用戶活動的更新日誌將提供給所有用戶監測其上傳和下載。系譜SNP交換服務的用戶將使用一個安全網路界面供上傳和下載系譜數據。

PSE的資料類型來源:1. 確認系譜用SNP晶片(〜100個)。2. 發現系譜用SNP晶片(〜400個)。3. 確認系譜用微衛星標記。

國際種公牛中心實施提供PSE服務的圖形表示。

基因組資料交換服務(Genomic data exchange service, GDE)。

  基因組評估需要數量大的基礎族群,這一要求激發了育種機構交換標記基因型和共享基礎族群,以避免重複基因型鑑定同一個體。如果沒有明確的標準、數據共享及多邊合作夥伴參與的話,那雙項的交流可能會變得效率低和繁瑣。基於此因,國際種公牛委員會用戶已經要求建立一個SNP數據交換平台。 只有已經參與國際種公牛委員會國際遺傳評估服務的機構(國際種公牛委員會用戶),可以進入Interbull數據交換區(Interbull Data Exchange Area, IDEA)。此交換區含有可應用於國際間遺傳評估的國際間系譜及表型資訊。如果國際種公牛委員會用戶被名列在ICAR系譜驗證目錄名單內,那他們加入GDE服務亦可以從PSE服務中充分獲益。

  基因型的所有權屬於最先提供該個體基因型的機構。用戶是按下載量比例收取服務費用及上傳量比例來授予信用額度。GDE服務的每個用戶將有充分機會進入自己的標記基因型資料庫及在系統內透過交換取得的基因型資料。其進入權限的定義是由基因型所有者可直接進入到使用者界面,而不受國際種公牛委員會中心的干擾。同樣地,用戶端控制台透過訊息系統進行管理請求基因型資料。國際種公牛委員會中心不會直接參與此等交換,但為維護資料庫工具,將與用戶進行一般性服務合約。將建立參與各方之間無論是具體雙邊或多邊基因型交換的合法框架。系譜SNP交換服務的用戶將使用一個安全網路界面供上傳和下載系譜數據。

  GDE的資料類型來源:1. 確認系譜用SNP晶片(〜100個)。2. 發現系譜用SNP晶片(〜400個)。3. 確認系譜用微衛星標記。4. 低密度SNP陣列晶片。5. 中密度SNP陣列晶片。6. 高密度SNP陣列晶片。

國際種公牛委員會中心實施提供GDE服務的圖形表示。

客製化基因組資源庫服務(Customized genomic repository service, CGR)

  因為Interbull客戶處理基因組數據更加複雜且所要求比傳統性能表現和後裔記錄還多。這種複雜性挑戰各國家數據庫的硬體設施(硬碟、記憶體和處理能力),而且在必要工具方面要跟得上市面上眾多不同SNP晶片。要儲存可容易使用的基因組數據不是簡單操作步驟,尤其是人力和財力資源有限時。基於上述這些原因,建立在國際種公牛委員會中心的基礎設施對國際種公牛委員會客戶而言是一個機會,透過遠端進入使用GENOEX數據庫的專用分區來儲存和處理他們的基因組資訊。換句話說,國家評估單位將數據庫服務外包給國際種公牛委員會中心,但他們只能進入自家的數據庫。鑑於這些客製化的資源庫是完全獨立的,這樣的機會最終可以擴展到ICAR不同類型的用戶。

  CGR的資料類型來源:1. 確認系譜用SNP晶片(〜100個)。2. 發現系譜用SNP晶片(〜400個)。3. 確認系譜用微衛星標記。4. 低密度SNP陣列晶片。5. 中密度SNP陣列晶片。6. 高密度SNP陣列晶片。7. DNA序列資料。

國際種公牛委員會中心實施提供CGR服務的圖形表示。

資料來源:

1. 張菊犁、吳明哲、黃英豪,2012,國際畜政聯盟(ICAR)第38屆會員國大會暨執行委員工作會議出國報告。

2. 趙俊炫、吳明哲、黃英豪,2014,國際畜政聯盟(ICAR)第39屆會員國大會暨執行委員工作會議出國報告。

3. 國際畜政聯盟(ICAR)官方網站(http://www.icar.org/)。

4. Dürr, J., H. Jorjani., and R. Reents. International Genotype Exchange Platform (GENOEX). 2014. 39th Ann Meet ICAR. Berlin. Germany.



[回上頁 | 顯示此文件為可列印格式]

此文件提供者: shuYing - [評分 : 0.00 (0 票選) | 評分!]
 visiter

 本頁 QR Code

 搜尋

進階搜尋

 電子相簿
台灣區種豬產業協會10405期D0916-01採精相片

 隨機好書

 夥伴網站

http://www.angrin.tlri.gov.tw

http://www.naif.org.tw/

http://www.coa.gov.tw

http://www.tlrihc.gov.tw/

http://minipigs.angrin.tlri.gov.tw