DNA指紋分析
5-5 DNA指紋分析
黃等(2006)採集青殼蛋選育品系第二代產青、白殼蛋母菜鴨各10隻血樣,進行DNA萃取後,利用螢光增殖片段長度多態性(amplified fragment length polymorphism, AFLP)、逢機增殖多態性DNA(random amplified polymorphic DNA,RAPD)及逢機增殖微衛星多態性(random amplified microsatellite polymorphisms, RAMPO)之DNA指紋技術,分析產青與白兩種不同蛋殼顏色褐色母菜鴨DNA指紋之差異。於AFLP試驗分析之結果顯示,利用12組篩選引子組合可於青、白殼組鴨隻基因組DNA中分別增殖出217和218條多態性環帶,平均多態性訊息含量(polymorphism information content, PIC)分別為0.28與0.29;利用T+AAG/E+ACA引子組合可於產白殼蛋組鴨隻AFLP指紋中發現一片段長度為200 bp特有波峰;於RAPD試驗分析之結果顯示,青、白殼兩組鴨隻之平均共有環帶頻率分別為0.88與0.87,相似性及遺傳距離分別為89.37%及0.17(表7);利用OPAL-03引子可於產白殼蛋組鴨隻RAPD與RAMPO指紋態樣中之2.2 kb處產生一條明顯之環帶,利用OPAG-07引子可於產青殼蛋組鴨隻RAMPO指紋中產生一條約1.5 kb之明顯環帶,顯示青、白殼兩組鴨隻中之DNA指紋態樣具有差異性(圖10)(黃等,2006)。此些DNA片段可能與褐色菜鴨蛋殼顏色相關性狀有關係,有利於進一步探討RAPD與RAMPO指紋態樣與菜鴨蛋殼顏色之遺傳訊息。
表7. 以12 組引子分析產青殼和白殼蛋褐色母菜鴨間AFLP之指紋多態性
Set | | Selective ex tension | | | No. | Polymorphic marker | | PIC | |
| Taq | EcoR | Label dye | | TSGE | TSWE | | TSGE | TSWE |
1 | AAC | AAA | HEX | | 23 | 23 | | 0.27 | 0.27 |
2 | AAC | AAC | NED | | 15 | 17 | | 0.30 | 0.27 |
3 | AAC | ACA | FAM | | 19 | 18 | | 0.22 | 0.32 |
4 | AAG | AAA | HEX | | 27 | 23 | | 0.31 | 0.25 |
5 | AAG | AAC | NED | | 11 | 11 | | 0.36 | 0.35 |
6 | AAG | ACA | FAM | | 21 | 22 | | 0.28 | 0.23 |
7 | AAT | AAA | HEX | | 22 | 23 | | 0.25 | 0.29 |
8 | AAT | AAC | NED | | 8 | 7 | | 0.29 | 0.18 |
9 | AAT | ACA | FAM | | 16 | 16 | | 0.33 | 0.32 |
10 | ACA | AAA | HEX | | 21 | 23 | | 0.24 | 0.31 |
11 | ACA | AAC | NED | | 10 | 11 | | 0.25 | 0.33 |
12 | ACA | ACA | FAM | | 24 | 24 | | 0.21 | 0.30 |
| Mean | value | | | 18.08 | 18.17 | | 0.28 | 0.29 |
PIC: Polymorphism information content.多態訊息量
TSGE: 產青殼蛋褐色菜鴨
TSWE: 產白殼蛋褐色菜鴨 (黃等,2006)
圖10. 以逢機引子增殖青殼與白殼褐色母菜鴨基因組DNA之RAPD(A)及RAMPO(B)指紋圖譜。膠片上之PCR產物經南方吸漬後係與32P-dCTP標幟之(TG)6探針雜交。青色蛋殼,lanes: 1~8;白色蛋殼,lanes: 9~16;M:100 bp Ladder marker。箭頭指處為不同殼色鴨隻間之明顯環帶。(黃等,2006)