(一)遺傳資訊鑑定
　　以限制酶Bgl II、Ecor I、Ecor V及Hind III分切臺灣黃牛之粒線體DNA，分別切為單一、4個、5個及2個DNA片段(張等，1995)。檢測臺灣黃牛紅血球酵素型中6-磷酸葡萄酸鹽去氫酶型(6-phosphogluconate dehydrogenase, PGD)及磷酸六碳醣異構酶型(phosphohexose isomerase, PHI)，結果所有受檢黃牛之PGD及PHI均無變異。前者全為AA型，而後者則全為BB型(葉等，1993)。
　　在核酸多態性研究方面，利用逢機增殖多態性 (Random Amplified Polymorphic DNA, RAPD )進行不同個體間遺傳組成變異性之分析。在指紋之多態性方面，由於不同引子其序列不同，造成附著於模板DNA上之位置不同，因此不同引子所得之樣態亦不同。又因基因組DNA上各處其PCR增殖效率不盡相同，因此造成多態性之環帶(圖2)。以相同之引子分析不同黃牛個體其樣態雖然相似，但少數引子卻有個體上之差異存在(圖3及圖4)。被篩選之引子共126組，有52組引子可產生清楚且強烈的DNA環帶，另外74組引子則為無產物或環帶樣態模糊而無法辨識，僅20組引子可在不同個體間產生具差異之多態性環帶。
　　在RAPD指紋圖譜之族群分析方面，選取八種可自不同個體間產生多態性環帶樣態之引子電泳結果進行分析(GelCompar version 4.0套裝軟體)，最後以UPGMA聚類分析法建構不同個體遺傳相似性之分子聚類圖。結果顯示，在受檢黃牛族群中可粗略區分為六個次族群(圖5)，在相同的次族群中，不同的個體間顯示其某些體表性狀具有高度的相似性。其特徵分述於下：第一群-肩峰大、胸垂大、耳大；第二-群肩峰大、角短；第三群-胸垂小、角短；第四群-肩峰小、角短、AA血型；第五群-肩峰小、胸垂小、耳小、角短；第六群-肩峰小、耳大。


圖2. 引子OPQ10(A)與OPP11(B)分析不同黃牛個體所產生之RAPD指紋圖譜。


圖3. 引子OPP5分析不同黃牛個體所產生之RAPD指紋圖譜。


圖4、引子OPA19分析不同黃牛個體所產生之RAPD指紋圖譜。


圖5. 黃牛族群之UPGMA分析結果