（五）基因檢測與篩選

　　本試驗自2000年起即由本所育種組長期協助，進行留種豬及各世代後裔之血液多產基因（ESR）與抗緊迫基因(Hal-C1843T基因型)檢測，基因型檢測結果供為各代種豬選留之依據，期望完全純化高畜黑豬留種族群之多產基因(MM)與抗緊迫基因(AA)。

　　於2005與2006年所進行之K5代與K6代仔豬基因檢測(陳等，2008a)，共340頭，多產基因檢測結果顯示MM型之比例為79.4%，MN型之比例為20.5%，NN型之比例為0%，多產基因之有利交替基因(M)頻率估值為0.90。抗緊迫基因檢測結果AA型比例為90.45%，AB型比例為9.54%，BB型比例為0%。經過K6全世代基因檢測與嚴格篩選，汰除所有不符合基因型之種豬，所留下之K6種豬均帶有純合子之MM型多產基因與AA型之抗緊迫基因。而目前所留種之K7種豬經基因型分析結果，均100%符合目標。

　　另外一個參考性的經濟性狀H-FABP肉質基因型，經部分K6與K7代留種豬之檢測結果，K6代(n = 25)：LL-0型8頭、LL-1型1頭、LL-2型1頭、HL-3型10頭、HL-4型1頭、HL-5型2頭、HH-6型2頭。K7代(n = 26)：LL-0型12頭、LL-1型3頭、LL-2型2頭、HL-3型9頭、HL-4型0頭、HL-5型0頭、HH-6型0頭。由於高畜黑豬主要定位在母系豬種，並未著重在高肉質基因型之選留，因此目前具有高肉質基因型之種豬較少。

　　近年來，在中興大學動物科學系黃木秋教授之合作協助下，K6與K7二代部分仔豬開始進行其他重要經濟性狀之基因型檢測，包括與繁殖性狀有關之PRLR (prolactin receptor)基因型、FSHR (follicle stimulating hormone receptor)基因型、LIF (leukemia inhibitor factor)基因型、EPOR (erythropoietin receptor)基因型、Properdin (or BF)基因型、RBP4 (retinol binding protein 4)基因型、LEPR (leptin receptor)基因型、LEP (leptin)基因型、HSP 70.2 (heat shock protein 70.2)基因型；對E. coli F18敏感之下痢基因FUT1 (α1,2 fucosyltransferase) 基因型；與生長及屠體性狀有關之H-FABP肉質基因型、PIT1 (pituitary-specific transcription factor 1)基因型、MYOG (myogenin)基因型、GH (growth hormone)基因型、MC4R (melanocortin-4 receptor)基因型、LXRA (liver x receptorα)基因型、LXRB (liver x receptorβ)基因型、CAST249與638 (calpastatin 249 and 638)基因型、PRKAG (protein kinase, AMP-activated)基因型與RN酸肉基因型等。由於這些基因之檢測耗費人力，且材料費用昂貴，目前並未進行全面篩檢，且選種上無法同時考慮太多的基因，故目前僅供為基因選種之次要參考依據。