(二)保種與配種方式

　　蘭嶼豬保種品系自引種迄今可區分為以下之各選育階段(表1)。

1.引種階段
　　台東種畜繁殖場於1980年自蘭嶼購入4公16母為基礎族群，放牧於岩土坡林地，設自動飲水區和精料餵飼區。整個族群為一閉鎖逢群，逢機配種繁殖，母豬分娩時自行以隱密坑洞或樹叢處為天然屏障，不提供人工哺育設施，飼養管理環境接近野生狀態(李等，1994)。

2.保種階段
　　於1987年起行政院農業委員會將之列為保種族群，自此成立以15公45母為逢機配種的保種族群。在1991年10月起至1993年9月止為期兩年的產仔追蹤研究中，發現該族群的產仔高峰在這兩年內均為冬季的12月，把懷孕期114天扣減後，其配種月份為正處夏季的8月，顯示蘭嶼豬的繁殖旺季或產仔旺季必然是已適應外在環境所表現的結果，亦即蘭嶼豬具有適應亞熱帶氣候的能力，平均每胎產下5.6頭活仔豬(李等，1994)。隨後於1993年10月至12月間，在放養坡林地放置人工涵洞，供豬隻避風雨，產仔頭數增加為6.7頭，仔豬八週齡的育成率有82.3％ (陳等，1997)。

　　這群逢機配種的蘭嶼豬保種畜群因長年圈養於台東種畜繁殖場之岩土坡林地，產生以下之狀況與問題。
　　(1).該處坡林地因豬群長年的拱掘，已造成嚴重的植被與水土之破壞。
　　(2).放養面積頗大，豬群凶野矯健，常於年度防疫注射時自作業欄跳脫，並發生作業人員遭攻擊受傷事件，造成防疫漏洞與人員安全問題。
　　(3).由於圈養區仳鄰野地，已造成少數個體逃脫至野外，亦有山豬侵入圈養區之情事發生，恐造成保種畜群與野生動物間雜交與疫病傳染之疑慮。 (4).礙於管理人力有限與幾近半野放的飼養狀況，難以落實相關資料的收集。

3.系譜追蹤階段
　　有鑑於此，2003年間於畜舍內設置新的保種場地，將保種畜群遷入，以落實各項管理與解決上述問題。配種方式亦由逢機配種改為指定配種，公豬排班輪換，使每頭公豬均有機會繁殖後代，以及保種畜群系譜之建立與追蹤。