(二)選育流程

　　蘭嶼豬近親品系選育工作之進行分為二個階段，第一階段為建立小體型五月齡體重輕的選育族群，自蘭嶼豬保種族群中，挑選外觀符合品種特徵、體型小隻健康個體，形成初始的選育族群，繁殖的過程中，遇有繁殖性能不佳或產生具有花斑外觀後裔之個體者，則將之淘汰，後代選留以親代繁殖性能佳、外觀特徵符合、體型小且健康者為標準。第二階段為建立蘭嶼豬種GPI-CRC-PGD基因型純合品系，畜產試驗所臺東種畜繁殖場於1992年自蘭嶼豬種的小體型選育族群中，檢測體色全黑仔豬的GPI基因型和PGD基因型，而GPI和PGD基因型鑑別方法為依張等(1994)研究報告所述的方法進行。仔豬具有GPI-BB型和PGD-AA型者才被選留，同時五月齡體重不超過20公斤者才被選為第零代種畜，合計有10公50母為基礎族群，GPI和PGD分別為BB型和AA型。

　　在第6號染色體基因位置上，CRC基因在GPI和PGD兩個基因間，為一個GPI-CRC-PGD基因連鎖群，因此利用選育GPI-CRC-PGD基因型純合品系，並再利用CRC基因的核苷酸突變點(Hal-1843)之分生檢測，證明為Hal-1843-CC型。如此，這個選育品系為GPI-CRC-PGD基因型純合品系。

　　第零代的10公50母蘭嶼豬採併欄配種方式，一欄內放入五頭母豬和一頭公豬，經過10天，把公豬隔離出來，再經四天，把公豬放入另一群母豬欄內。此等公豬輪替方式放入另一母豬欄，係避免某一頭公豬低受精力而致母豬無法受孕的狀況產生。併欄配種的期間兩個月，相當於有四頭公豬在這兩個月期間和同欄的五頭母豬會併欄飼養。選拔方法自1992年7月起，第零代種豬10公50母，依1公5母的併欄配種方式進行繁殖第一代仔豬。所有仔母豬留下供五月齡選留用，而仔公豬的選留，則依其雄親的受精力高低而被指定選留。雄親有五胎後裔者，其仔公豬才被選留，每胎僅選留一頭，其餘者在8週齡離乳時均予以淘汰出售或去勢。初產的第零代種母豬於8週齡時離乳，所有初產母豬離乳後，又併欄配種，使之產下第二胎，第二胎仔豬不留種用。此時第一胎仔豬已達五月齡，而雌親的產仔能力則有兩胎產仔數之平均。根據雌親的兩胎平均產仔數高者和第一胎仔豬五月齡體重輕且外觀正常者，選留50頭女豬和10頭公豬為第一代種豬。第一代種豬10公50母於1993年6月起兩個月，又採1公5母的併欄配種方式，每半年併欄繁殖一次，併欄公母豬為同父異母的半同胞。母豬在每次併欄配種後，並非全部均能產下活仔豬，故依分娩年齡為1.0、1.5和2.0歲計算其產仔數。所有的一歲齡和1.5歲齡母豬產下的仔豬均不留種，僅選留2.0歲齡母豬產下的仔豬。根據雌親的產仔數高者和仔豬五月齡體重輕且外觀正常者，選留50頭女豬和10頭公豬(每胎僅選留一頭)為第二代種豬。

　　第二代種豬10公50母於1995年6月起兩個月，乃採1公5母的半同胞併欄配種方式，每半年併欄繁殖一次。母豬在每次併欄配種後，並非全部均能產下活仔豬，母豬產仔數亦依母豬分娩年齡為1.0、1.5和2.0歲計算。各世代仔豬達五月齡時稱體重，但公母的頭數因胎次而不一，公的頭數是10~20頭，而母的頭數是30~70頭。

　　蘭嶼豬GPI-CRC-PGD基因型純合品系之各系系譜如附件所示。未達下列標準者，不予留種，是選育過程中種畜支系流失的原因：

1. 繁殖出現障礙，如無法繁衍、早產、死產或仔豬活力低弱早夭。
2. 後裔育成後，全為單一性別者。