(三)遺傳基因體分析
1. 粒腺體DNA序列：
　　利用Loftus 等人(1994)所設計之引子對L15737: 5’-CTGCAGTCTCACCATCAACC-3’，H992: 5’-GATTATAGAACAGGCTCCTC-3’增幅放大D-loop區域，引子序列末端的的位置標示則依據Anderson 等人(1982)所發表整個粒線體DNA序列而定。由59個臺灣黃牛樣品，經DNA定序後，取5’與3’端頭尾相同序列的部份，並與參考序列V00654 (Anderson et al., 1982)和EU177868 (Achilli et al., 2008)以軟體Clustal W 2.0進行比對分析，結果比對序列區域含有29個變異點，再進一部利用Neighbor joning方法描繪演化分析圖，結果分成兩群(圖1)，大群所佔百分比為86.44，小群所佔百分比則為13.56%。


圖1. 臺灣黃牛粒線體DNA D-loop區之演化分析圖(廖，2008)

2. 核內DNA微衛星標記：
　　利用FAO(2004)建議使用的牛微衛星標記組，以其中12組牛微衛星標記分析93頭臺灣黃牛個體之DNA進行微衛星型遺傳標記分析，12組微衛星標記皆有多態型的基因型，具多態型的微衛星標記組共檢測到106個alleles，平均每個基因座具有8.8個對偶基因(5~13個alleles)，其觀測異質度介於0.37到0.87，平均為0.57，而期望異質度介於0.52到0.83，平均為0.73。而多態性訊息含量(Polymorphism Information Content, PIC) 介於0.47到0.80，平均為0.69 (表3)。在本試驗選用的12組微衛星標記組皆有多態型的基因型，且具高多態性資訊(PIC<0.5)，顯示恆春分所臺灣黃牛保種族群遺傳多樣性的維護與管理良好。

表3. 臺灣黃牛微衛星型遺傳標記分析