(二)血液蛋白多態性
　　黃牛血液蛋白多態性檢測之結果(葉等，1993；林，1997；林，1998；李，2005)，不同年度之間基因頻率之分佈大致接近，族群世代交替間仍能維持穩定之遺傳變異性，顯示現有保種流程與方式仍能維持一定程度之遺傳歧異度及品種之遺傳穩定度(表4~9)。
　　而從血液蛋白多態性來看，臺灣黃牛不僅與印度牛距離遠，而且具有斑騰牛屬（Bibos banteng）巴厘牛所特有的HbC血液型，這是牛屬動物（Bos）中印地卡斯牛或瘤牛（Bos indicus）和特歐羅斯牛或普通牛（Bos taurus）所不具有的血液型基因頻率，亦是中國黃牛與臺灣黃牛獨特的遺傳結構。基本上，臺灣黃牛具有大陸南方黃牛類型的基因遺傳，與其中部分地方品種黃牛關係密切，但也與東南亞鄰近地區之當地牛種有接近的遺傳距離，這種複雜的基因構成和分佈也說明了臺灣黃牛的遺傳多樣性(李，2007)。