(一)毛色分布
　　由一封閉隻逢機配種蘭嶼豬群，因近親繁殖結果產生白色斑仔豬（37/244＝15.2﹪），即供作畜試花斑豬選育基礎群族，結果列於表1。身體各部位出現白色斑的族群頻率由基礎族群的85.3％，增加至G1代仔豬群的97.2％和G2代仔豬群的98.0％（P＜0.05）。G1代種豬的白色斑出現在各部位的平均為95.9％，而G0代種豬的白色斑出現在各部位的平均為99.3％。G0代的24頭種豬中僅有兩頭的耳朵不具白色斑，而G1代的24頭種豬中有數頭的耳朵、頸部、右腹部和尾巴不具白色斑。G1代種豬的毛色分布較其親代（G0）有色斑部位略少，主要是因G1代種豬選留標準尚包括五月齡體重不得超過20 ㎏的限制。G2代仔豬耳朵具有色斑的比率為80％，其餘部位幾乎均有色斑存在，平均有98％仔豬在不同部位具有色斑。耳朵具白色斑的豬隻在原有保種區隔離群裡有59％（22/37），於G0代種豬選留時，亦僅有兩頭的耳朵不具白色斑，其G1代仔豬的耳朵具有色斑增加為99％（87/88）。G2代仔豬90頭中白色斑出現在耳朵的頻率是80％（72/90），右與左前肢具有色斑頻率均為99％，其餘如臉部、頸部、背部、左右腹部、左右後肢和尾巴等部位均為100％有色斑。不過臉部、頸部、背部和左右腹部的色斑，計有白色斑和棕色斑兩種。當把G2代母豬三頭回交全黑的蘭嶼公豬時，計產下14頭仔豬，毛色均為全黑，預測蘭嶼豬近親配種後產生的白色斑是一種隱性遺傳。國際上有關豬隻毛色遺傳及其可能控制毛色遺傳基因座之研究主要是建立在Hetzer氏應用藍瑞斯、波中、盤克夏、大黑、杜洛克、約克夏與貝斯梅爾壹號等豬種之探討（1945a, b, c, d, 1946, 1947, 1948, 1954），以及Ollivier and Sellier（1982）和Rempel and Marshall（1990）之文獻檢討，加上Legault（1998）對中國豬隻研究與瑞典農業大學對約克夏顯性白基因座和歐洲野豬種灰褐色與黑色素蓄積有關的擴散性基因之定位研究（Johansson et al., 1992; Kijas et al., 1996; Mariani et al., 1996; Marklund et al., 1996）.然蘭嶼豬此種白色斑可能非源自中國豬種的末端白（Legault, 1998）且與美國農業部克雷中心選育之合成品系WC豬種的顯性白（Rohrer et al., 1997）不同。李與宋（1979）進行全同胞近親交配試驗計分娩14胎仔豬，其中白色斑出現率為3.2﹪（3/95）；隨後以其中公母各一頭繼續全同胞繁衍，結果因仔豬活力差僅存活三頭（李等，1980；1982），故宋等（1988）指出具大白色斑仔豬無法育成可能與白色斑附有隱性致死基因有關。然本研究之近親品系白色斑豬隻並未有體弱不易存活之現象，故應與宋等（1988）所述隱性致死基因不同（李等，1998）。