（六）以微衛星型遺傳標記分析蘭嶼豬與桃園豬之遺傳多樣性
廖等(2004)研究嘗試以九種豬微衛星型遺傳標記，篩檢78頭蘭嶼豬與60頭桃園豬基因組DNA，再將所得到的遺傳標記交替基因分佈頻率以套裝軟體DISPAN分析，其結果為蘭嶼豬的平均異質性為0.49±0.08，桃園豬則為0.44±0.08，但由於九個遺傳標記的其中一個標記，其所篩檢樣品的分析結果，僅出現兩個交替基因，故導致整個族群平均異質性下降。因此，在以微衛星型遺傳標記估算生物基因多樣性時，應該慎選足夠數量並具有代表性的遺傳標記，如此分析出來的數值才比較客觀正確。