(五)保種豬群遺傳變異之分子遺傳學分析

　　畜產試驗所於1979年自蘭嶼引入該豬種後，為提昇種原多元化應用，進一步以蘭嶼豬為基礎種畜，分別育成具有花斑外觀的花斑豬與棕白條紋相間的迷彩豬，並持續進行近親的選育與研究，期建立遺傳組成穩定的小型豬品系，可供做醫學試驗研究與休閒觀賞等用途，這二種新育成的小型豬已於2003年6月間以畜試花斑豬（Lanyu 100）與畜試迷彩豬（Lanyu 50）完成種原登記(李等，2003)，成為我國正式之家畜品種。目前蘭嶼豬保種品系畜群仍保有此花斑毛色之隱性基因。自2004年1月迄2006年10月，蘭嶼豬保種品系畜群共計分娩75胎，其中6胎仔豬中有花斑個體出現，發生率約8％。2005年11月21日耳號0011-04之母豬(與配耳號0008-04之公豬)產下一窩仔豬 (6公2母) ，其中有1頭母仔豬為花斑體色(圖4)，顯示此對保種畜群之公母豬毛色遺傳為雜合子型態。


圖4. 蘭嶼豬保種品系畜群中仍保有花斑毛色之雜合子遺傳型(2005.11.21)

　　為釐清台東種畜繁殖場蘭嶼小耳種豬保種畜群於小族群長時間封閉繁衍可能導致近親衰退之疑慮，2004年利用分子生物技術來探討蘭嶼豬族群內之親緣關係，分析族群間遺傳變異及遺傳距離等資料。依據聯合國糧農組織(FAO)家畜種原多樣性資訊系統(Domestic Animal Diversity Information System, DAD-IS)於2004年所公布之swine 27個微衛星標記，挑選其中分布於15對染色體上之19個微衛星標記(表3)，針對保種畜群29頭蘭嶼豬進行檢測，並比較族群內之差異，分析結果得知在族群內預期之平均純合度（homozygosity）為0.439。在所選擇之微衛星標記中，大部分皆無太大變異(3.73 alleles/locus)，若不採取改善措施，畜群遺傳多樣性將可能進一步流失。將上述分析結果以STRUCTURE軟體進行計算與分群，可得每一個體遺傳型歧異程度之示意圖(圖5)，未來將以此為種原畜群管理之依據，如計畫配種與後裔選留，以維持保種畜群之遺傳多樣性。




圖5. 蘭嶼豬保種群個體遺傳型歧異程度之示意圖（以STRUCTURE軟體進行計算與分群）。

　　此外，粒線體D-Loop DNA序列之歧異度分析發現，台東種畜繁殖場之蘭嶼豬保種品系畜群可分為二種單倍體基因型(haplotype)，其中18頭與台大動物科學技術學系的5頭及2005年於蘭嶼島採得之4頭個體樣本同屬一型，而另外11頭則自成一群(圖6)，在遺傳多樣性與演化研究上具有相當之重要性。另外，分析結果顯示8頭採自蘭嶼的豬隻樣本被區分為4個外群，說明這些個體為蘭嶼豬與外來豬種之雜交後代。


圖6. 蘭嶼豬粒線體D-Loop DNA序列之遺傳多態性分析。台東種畜繁殖場之蘭嶼豬保種品系畜群可分為二種基因型。（TAPS：台東種畜繁殖場；NTU：台大動物科學技術學系；Lanyu：2005年蘭嶼島豬隻樣本）。