(一)種原來源
　　畜產試驗所台東種畜繁殖場的蘭嶼豬保種族群為選育畜試花斑豬之種原來源。蘭嶼豬種為自台灣本島移入東南方外海蘭嶼島適應下來的小型黑色豬種，因其外表特徵為耳小直立，名為小耳種豬，又因體型亦小，故亦稱小型豬（Lee et al., 1983；李等，1994；戴等，1997）。台東種畜繁殖場以1980年自蘭嶼島購入四公十六母為基礎族群進行繁衍，行政院農業委員會並於1987年起將其納入保種族群，自此以15公45母圈養成為一封閉逢機配種族群。後因近親繁殖導致白色斑子代出現，為顧及保種族群的近親繁殖可能帶來的白色斑致死遺傳，於1993年起把族群中具白色斑仔豬計37頭隔離出來，以保持保種族群毛色全黑之豬種特徵。這些因近親繁殖而產生的白色斑仔豬，自保種族群隔離出另成一族群，為近親品系畜試花斑豬之原始基礎族群。